Жалпыға ортақ деректерді талдау
SARS-CoV-2 тегі туралы мәліметтер мен Чилидегі қол жетімді тізбектерден үлгі алынған күн Consorcio Genomas CoV2 сайтынан алынды. https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global. Вакцинация туралы мәліметтер Ғылым, технология, білім және инновация министрлігінің ашық мәліметтерінен алынды https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (Өнім 83).
Инфекциялық талдау
Әр түрлі SARS-CoV-2 ақуыздары бар жалған типті вирустар біз бұрын сипаттағандай дайындалды12. Қысқаша айтқанда, HEK1T жасушаларында pNL2-ΔEnv-Luc сәйкес pCDNA-SARS-CoV-293 Spike кодтау векторымен бірге 4.3: 2 молярлық қатынаста ВИЧ-1 негізіндегі SARS-CoV-1 жалған типтері шығарылды. Эндоплазмалық ретикулумда ұстамау үшін белгілі C-ұшы (SΔ19) соңғы 19 аминқышқылдары жоқ, кодон-оңтайландырылған шыбықты кодтайтын плазмидтер12 гендердің синтезі немесе арнайы қондырылған мутагенез (GeneScript) арқылы алынды және келесі мутацияларды қамтыды: А тегі (сілтеме тізбегі), В тегі (D614G), В.1.1.7 (Δ69-70, Δ144, N501Y, A570D), D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), тегі P.1 (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I) және C.37 (G75V, T76) 246, L252Q, F452S, D490G, T614N). Әрбір жалған типті препарат бөлме температурасында 859 айн / мин жылдамдықпен центрифугалау арқылы тазартылды, ВИЧ-3,000 Gag p1 Quantikine ELISA жиынтығының көмегімен өлшенді (R&D жүйелері), ұрықтың ірі қараның 24% сарысуында (Сигма-Олдрих) бөлінген және -50 ° C температурада сақталады. қолдану. HEK-ACE80 жасушаларын жұқтыру үшін жалған типті вирустардың әр түрлі мөлшері (ВИЧ-1 р24 ақуызының деңгейімен анықталады) қолданылды және 2 сағаттан кейін отты люциферазаның белсенділігі Glomax 48 микропластинасындағы Люциферазды талдау реагенті (Промега) көмегімен өлшенді. люминометр (Промега).
Нейтрализация сынағы
Вирусты бейтараптандырудың жалған типті талдаулары негізінен біз бұрын сипаттағандай орындалды12. Қысқаша айтқанда, плазмалық үлгілердің сериялық разбавкалары (1: 4 -тен 1: 8748 -ге дейін) DMEM -де ұрықтың ірі қараның 10% сарысуы бар дайындалды және 5сағат ішінде 24 ° C температурада әр жалған типті вирустың 1 ng p37 -мен инкубацияланды.4 Әр ұңғымаға HEK-ACE2 жасушалары қосылды. Теріс бақылау ретінде жалған типті вируспен (А тегі) инкубацияланған HEK293T жасушалары (ACE2 білдірмейтін) қолданылды. Жасушалар 48 сағаттан кейін лизиске ұшырады, ал отты люциферазаның белсенділігі Glomax 96 микропластиналы люминометрдегі (Промега) люциферазды талдау реагенті (Promega) көмегімен өлшенді. Әр сұйылту үшін бейтараптандыру пайызы есептелді және әрбір үлгідегі ID50 GraphPad Prism 9.0.1 нұсқасы арқылы есептелді.
Статистикалық талдау
Статистикалық талдаулар GraphPad Prism бағдарламалық жасақтамасы 9.1.2 көмегімен жүргізілді. SARS-CoV-2 жалған типті вирустар панеліне қарсы антидене титрлерін (NAbTs) бейтараптандыруға арналған бірнеше топтық салыстырулар, сондай-ақ NAbs жауаптарын жынысы мен түтін күйі бойынша салыстыру жұпталған Wilcoxon қолтаңбалы тест көмегімен жүргізілді. Фактордың өзгеруі идентификатордағы геометриялық орташа титрдің айырмашылығы ретінде есептелді50 Жабайы типтегі жалған типті вируспен салыстырғанда. NAbT пен жас немесе BMI арасындағы корреляциялық талдау Спирман тестінің көмегімен жүргізілді. Инфекцияға статистикалық талдау жасау үшін бір жақты ANOVA мен Тукейдің бірнеше салыстыру сынағы жүргізілді. P мәні ≤0.05 статистикалық маңызды болып саналды.
Этикалық мақұлдау
Зерттеу хаттамасы Чили Университеті медицина факультетінің Этика комитетімен (No 0361-2021 және N ° 096-2020 жобалары) және Клиника Санта Мариямен (Жоба № 132604-21) мақұлданды. Барлық донорлар келісілген келісімге қол қойды және олардың үлгілері жасырын болды.
Lambda нұсқасындағы масақ мутациясының инфекцияға және бейтараптандыратын антиденелерге реакциясына әсері
3695 маусымдағы жағдай бойынша GISAID -те сақталған Чилидің 24 тізбегіне талдауth 2021 SARS-CoV-2 нұсқаларының Гамма мен Ламбданың соңғы триместрдегі бухгалтерлік есепте бірге 79% барлық тізбектің айқын үстемдігін көрсетеді.
Бір қызығы, бұл кезең жаппай вакцинациялау науқанымен сипатталды, онда мақсатты халықтың 65.6% (18 жастан асқан адамдар) 27 маусымға сәйкес егудің толық схемасын алды.th 2021
Толық схемамен егілген адамдардың 78.2% -ы Sinovac Biotech -тен CoronaVac вирусының вакциналандырылған вакцинасын алғанын ескере отырып, біз Lambda нұсқасында кездесетін маска мутациясының осы вакцина шығарған антиденелерді бейтараптандыру қабілетіне әсерін зерттеуге тырыстық.
Ол үшін біз Вухан-1 сілтеме тұқымынан (жабайы түрі; тегі А), D2G мутациясынан (В тегі) және Альфадан (В тегі) алынған ақуызды алып жүретін ВИЧ-1 негізіндегі SARS-CoV-614 жалған типті вирустарды құрдық. .1.1.7), гамма (P.1 тегі) және Lambda (тегі С.37) нұсқалары.
Вирусты дайындау кезінде біз Lambda шыбықтары бар жалған типті вирус жұқтырған жасушалар D614G мутантымен немесе Альфа мен Гамма нұсқаларымен салыстырғанда Lambda штамм ақуызының жұқтыру қабілеттілігінің жоғарылауын көрсететін биологиялық люминесценцияның едәуір жоғарылағанын үнемі байқадық.
Сурет 1.Әр түрлі ақуыздар әсер ететін инфекциялық.
(A) SARS-CoV-2 ақуызының схемасы және осы зерттеуде қолданылатын нұсқалар. Тектілер жақша ішінде көрсетілген. RBD, рецепторларды байланыстыратын домен, CM; цитоплазмалық құйрық.
(B) ВИЧ-1 эквивалентті мөлшерлерін қолдана отырып, әр тұқымның жалған типтерін титрлеу p24. Өрт люциферазасының белсенділігі инфекциядан кейінгі 48 сағатта салыстырмалы люминесценция бірліктері (RLU) ретінде өлшенді. Орташа және ШД үш реттік эксперименттен есептелді.
Содан кейін біз жоғарыда аталған жалған типті вирустарды Чили университеті мен Клиника Санта -Мариядан келген денсаулық сақтау қызметкерлерінің 79 плазмалық үлгілерін қолдана отырып бейтараптандыру талдауларын қолдандық.
Біз ID4 титрін есептей алмайтындықтан 50 үлгіні алып тастадық. Талдауға алынған үлгілерден 73% әйелдерге сәйкес келеді, орташа жасы 34 жаста (IQR 29 - 43) және дене максималды индексі (BMI) 25 (IQR 22.7 - 27). Қатысушылардың 20.5% -ы иммундау кезеңі аяқталған кезде белсенді темекі шегушілер деп жариялады. Үлгілер CoronaVac вакцинасының екінші дозасынан кейін 95 күн медианасында (IQR 76-96) алынды.
Біз Wild типті ақуызы бар жалған типті вирусты бейтараптандыру 50% ингибиторлық сұйылтуға әкелгенін байқадық (ID)50) орташа титр 191.46 (154.9 - 227.95, 95% CI,), бұл 153.92 (115.68 - 192.16, 95% CI), 124.73 (86.2 - 163.2, 95% CI), 104.57 (75.02 - 134.11, 95% CI) ) және тиісінше D78.75G мутантынан немесе Альфа, Гамма және Ламбда нұсқаларынан алынған ақуызды тасымалдайтын жалған типті вирустар үшін 49.8 (107.6 - 95, 614% CI).
Біз сондай -ақ ID идентификаторының орташа геометриялық титрін байқадық50 титрлер Lambda шыбығын алып жүретін жалған типті вирус үшін 3.05 (2.57 - 3.61, 95% CI), гамма шыбығы үшін 2.33 (1.95 - 2.80, 95% CI), 2.03 (1.71 - 2.41, 95% CI) жабайы шыбықпен салыстырғанда альфа шыбық үшін және D1.37G шыбық үшін 1.20 (1.55 - 95, 614% CI).
Біздің зерттеу когортымызда жынысы, жасы, дене массасының индексі (ТМИ) немесе түтін күйі мен бейтараптандыратын антидене титрлері арасында ешқандай байланыс байқалмады.
Сурет 2.CoronaVac вакциналарының плазмалық үлгілерін қолданып бейтараптандыруды талдау
(A) 50% кері бейтараптандыру титрінің өзгеруі (ID50) D75G (тегі В), Альфа (В.614 тегі) қарсы CoronaVac вакцинасын 1.1.7 алушылардың плазмалық үлгілерінде,
Гамма (линия P.1) және Lambda (C.37 тегі) нұсқалары жабайы типті вирустармен салыстырғанда. Нәтижелер сәйкес үлгілердің бейтараптандыру титрлерінің айырмашылығы ретінде көрсетіледі. И мәнін салыстыру үшін P мәндері50 Wilcoxon қолтаңбалы тестімен есептеледі.
(B) Қораптық учаскелер идентификатордың медианалық және квартильдік диапазонын (IQR) көрсетті50 әрбір жалған типті вирус үшін. Факторлық өзгерістер идентификатордағы геометриялық орташа титрдің айырмашылығы ретінде көрсетіледі50 Жабайы типтегі жалған типті вирустармен салыстырғанда. Статистикалық талдаулар Wilcoxon жұптарының сәйкестендірілген рейтингі тестінің көмегімен жүргізілді.
Біздің мәліметтер бірігіп, Чили мен Оңтүстік Америка елдерінде көп таралатын Lambda қызығушылығының жаңа нұсқасының ақуызы жұқпалы аурудың жоғарылауына және CoronaVac шығарған антиденелерден бейтараптануға мүмкіндік беретін мутацияға ие болатынын көрсетті.
